Naast de smaak is de kwaliteit van boerenkaas heel belangrijk. Net als alle andere voedingsmiddelen moet boerenkaas gemaakt worden op een manier waarbij de volksgezondheid beschermd wordt. Zo mogen er geen gevaarlijke bacteriën inzitten, worden er eisen gesteld aan de ruimte waar de boerenkaas gemaakt wordt, aan de apparatuur waarmee boerenkaas gemaakt wordt, maar bijvoorbeeld ook aan de plaats waar boerenkaas gesneden en verpakt wordt.
Veel van deze eisen zijn in de Nederlandse wet of in Europese regelingen voorgeschreven. Iedere boer die boerenkaas maakt en deze verkoopt moet aan die eisen voldoen. Boerenkaas is zodoende een veilig product.